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基于MiSeq分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及群落结构

作者: 陈芸 [1] 刘旗 [1] 邓俊良 [1] 任志华 [2] 杨颜铱 [1] 高爽 [1]

关键词: 川中黑山羊 瘤胃细菌 多样性 群落结构 MiSeq测序 拟杆菌门 普雷沃氏菌属

摘要:采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构.选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序.结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338830条,聚类后得3400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰度为拟杆菌门的(占总序列数的40.87%),其次为厚壁菌门的(27.19%),样品F最高相对丰度为拟杆菌门的(47.12%),其次为变形菌门的(19.99%),再次为厚壁菌门的(18.05%),样品A厚壁菌门的相对丰度极显著高于样品F的(P<0.01);4)在属水平上,样品A与样品F的最高相对丰度均为普雷沃氏菌属的(样品A的为25.54%,样品F的为27.67%),样品A中月形单胞菌属、丁酸弧菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸弧菌属、琥珀酸菌属等的相对丰度显著高于样品F的(P<0.05).试验结果表明,川中黑山羊瘤胃中相对丰度最高的菌门为拟杆菌门,相对丰度最高的菌属为普雷沃氏菌属,且两瘤胃样品中部分细菌相对丰度间的差异显著.


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