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基于RNA-Seq五指山猪背最长肌基因表达差异分析

作者: 孙瑞萍 [1] 魏立民 [1] 王峰 [2] 晁哲 [1] 刘海隆 [1] 郑心力 [2] 刘圈炜 [1] 黄丽丽

关键词: 五指山猪 基因表达 基因结构 可变剪接 新转录本

摘要:为完善五指山猪基因结构和发掘新基因,采用转录组测序(RNA–Seq)技术对6、8月龄五指山猪背最长肌组织转录组进行分析.经过质量控制,分别得到65683578条(6月龄)和65464156条(8月龄)有效序列;与猪基因组比对后发现,转录本序列分别为20102、25719个;通过与各数据库进行序列对比,功能基因分别有18206、18374个;朋6、8 月龄五指山猪样品中预测的新转录本分别有687、737个,长度为180~14884 bp,新转录本最少的仅含有1个外显子,而最长的包含40个外显子;新预测的可变剪接分别有28670、32940个,内含子保留(intron retention,IR)模型在6月龄五指山猪中的数量最多,而在8月龄猪中却以外显子跳跃(skipped exon,SE)剪切模型为主;对6932个(6月龄)和7110个(8月龄)基因结构进行优化,分别有2785、2950个基因3'端发生了延伸,4147、4160个基因5'端发生了延伸;分别筛选出103250个(6月龄)和110545个(8月龄)SNP位点,均以转换型SNP位点数量居多.


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